1편의 끝부분에서 본(멧 데이먼)은 약속대로 마리(프랑카 포텐테)를 찾았고 둘은 함께 산다. 하지만 자신의 신분을 속인채 계속해서 주거를 바꾸어가며 살고 있다. 지난 2년동안도 늘 누군가를 죽이는 악몽을 꾸면서 ... 자신의 과거를 더 찾아보려하지만 악몽만 되풀이 될뿐 아무런 실마리도 제공되지 않는다. 그러던 어느날 2년만에 다시 찾아온 킬러. 황급히 마리를 데리고 떠나지만 결국 키릴(칼 어번)에게 총을 맞는 마리... 강속에 쳐박힌 차안에서 무던히도 마리를 살리려 애을 써봤지만.... 잠시 실의에 빠진 본은 마리의 복수와 더불어 자신을 해하려하는 조직을 찾아 나폴리로 떠난다.

한편 베를린에서 내부 첩자를 잡기 위한 작전에서 요원1명과 정보원이 살해당한다. 그들에게 전달하기로 했던 엄청난 돈까지... 하지만 그곳에서 발견된 본의 지문으로 이모든 사건의 배후 인물이 본으로 낙인이 찍힌다. 이를 조사하던 CIA부국장 파멜라 랜디(조앤 알렌)는 본을 조사하던중 드레드 스톤이라는 정체불명의 조직을 알게 되고 그 부서의 실질적인 리더인 애보트(브라이언 콕스)를 집중 추궁한다. 이에 더더욱 본의 실체가 알려지면 안되겠기에 계속 킬러들을 보냈던것이지만 늘 실패 했던것이다.

본은 자신이 드레드 스톤의 요원이었다는것과 여러차례 암살에 성공했던것을 알게 된다. 특히 나폴리항에서 본인 이름의 여권으로 들어가려다가 CIA에 의해 저지 당하지만 요원을 가볍게 처리하고 도망을 친다. 그리고 자신과 같은 드레드 스톤 요원이었던 자다를 찾아 뭰헨으로 달려가서 깔끔하게 처리를 하고 베를린으로 향한다. 자신의 누명을 해결하고자... 때마침 조사를 나온 파멜라를 알아보고 2년전 드레스톤 안가에 있던 니키 파슨스(줄리아 스타일스)를 알아보고 그녀를 보내달라고 요청한다. 삼옴한 CIA요원들이 까려 있는 광장에서 멋지게 파슨스를 빼돌리는 본... 하지만 별다른 소득은 얻지 못하고 기억을 더듬어 호텔 브레커를 찾아가고 거기에서 러시아 개혁파 의원인 네스키를 살해했던 순간을 떠올리게 된다.

달려든 CIA요원들을 따돌리고 찾아간곳은 모든 사건의 배후 인물 애보트였다. 애보트가 그간에 있었던 사실들을 실토하는 내용을 녹음한후 파멜라에게 보낸다. 이를 안 애보트는 파멜라가 찾아오기 직전에 자살을 하고 만다. 그전에 드레드 스톤의 심복이었던 대니 존마저 죽여야 했던 무서운사람... 그렇게 해서 드레드 스톤에 관련된 애보트, 콩클린, 대니존등이 모두 사망하고 오로지 니키 파슨스만이 살아남은 결과가 되었다.

러시아를 찾은 본은 네스키의 딸을 찾아간다. 그리고 자신이 부모님을 암살했다고 진심으로 사과를 한다. 그곳까지 본을 제거하려고 찾아온 키릴을 자동차 추격전끝에 사망하게 만든다. 마리의 복수와 함께...

누가 패권을 잡고 있는가... 드레드 스톤의 추악한 과거를 지키려고 서슴없이 자신의 부하들을 죽이고 본마져 없애려 혈안이 되었던 애보트인가... 드레드 스톤의 숨은 비화를 찾아 나서는 파멜라인가, 자신의 정체성을 추악한 과거를 사죄하려는 본인가... 모든 판단은 관객의 몫이리라.... 마지막 장면에 3편을 예고하는 본의 전화는 인상적이었다.

"좀 쉬어요, 팸. 피곤해 보이네요