그것은 이카리 신지에 의해 ‘인류 보완 계획’이 저지된 세계……. 과거의 특무 기관 네르프는 ‘네르프 JPN’으로 재편되고, 총사령관 카츠라기 미사토 아래에서 열일곱 살이 된 칠드런들이 사도의 재래에 대비하고 있었다.
그러나 전 지구 사도 탐사 섬멸 네트워크를 담당하는 ‘네 명’의 아야나미 레이 중 하나 No.카트르가 갑자기 폭주. 그것을 막으려 한 신지는 초호기와 함께 감마선 레이저를 맞고 소실된다…….
TV 애니메이션 제24화에서 분기된 또 다른 ‘에반게리온’의 가능성의 이야기가 10년의 시간을 지나 여기 되살아난다.