처음에는 마다가스카의 펭귄들의 리더, 스키퍼와 리코, 코왈스키는 알을 구하기 위해 대작전을 펼칩니다. 결국 알에 들어있는 프라이빗을 구하게 되고 마다가스카의 펭귄들의 멤버가 모두 모이게 되고, 빙하를 타며 모험을 시작합니다.

그 펭귄들은 자라서 마다가스카의 서커스단에 들어가고, 그 서커스단의 수레를 타고 도망을 치죠, 그날은 ；막내 프라이빗의 생일이니까요...；..
수레를 타고 치즈과자 자판기의 치즈과자를 가지러 갔습니다. 그런데 자판기에 갇히게 되고,

그 자판기는 ＇문어＇ ；악당 옥토브레인이었는데...........
대왕문어 악당 옥토브레인은 펭귄들에게 인기를 뺏긴 1인입니다.

펭귄들에 대한 복수를 계획하고 있죠...

마다가스카의 펭귄들은 문어 악당을 피해 도망치죠.....


그러던 도중 노스윈드라는 비밀 조직을 만나게 되고, 옥토브레인박사를 검거할 계획을 세웁니다.

하지만 마다가스카의 펭귄들도 옥토브레인박사에게 붙잡히고 맙니다.

하지만 프라이빗은 살아남고, 나머지 펭귄들은 옥토브레인박사의 괴물 광선에 맞는데...,,,

프라이빗이 그 괴물광선 기계를 역이용해 나머지 펭귄들을 모두 원상태로 되돌립니다.

그렇지만 프라이빗은 큰 뿔 하나가 생겼습니다. 끝날때 노래가 나오면서 마다가스카의 다람쥐(?)가 프라이빗을 원상태로 되돌리고 해피엔딩으로 끝납니다.

완전 강추합니다...