연이은 레이버 범죄에 대항하기 위하여 경시청은 전문부재를 설립한다.

적성 시험을 통과한 이즈미 노아 순경은 신형 패트레이버의 파일럿이 되어 지휘를 담당하는 시노하라 아스마 순경과 함께 임무에 투입되고 압도적인 성능을 지닌 패트레이버는 차례차례 사건을 해결해 나간다.

그 사건들 중 일부에 패트레이버의 능력을 빼내려 획책하는 ‘어떤 조직’이 관련되어있다는 것도 모른채……. ⓒ Masami YUUKI/SHOGAKUKAN