과학과 마술이 교차하고 집결한 거대한 싸움이 끝나고
이제 이야기는 ‘신약’에서 ‘창약’으로 접어든다

사랑하는 아가씨 미사카 미코토와 단둘이 보내는 매혹의 크리스마스가 드디어 이 손에…! 라고 기대하고 있던 시라이 쿠로코였지만, 정신이 들어 보니 왠지 그녀 옆에는 바코드 머리에 안경을 장착한 ‘안티스킬(경비원)’ 아저씨가…?! 성스러운 밤, ‘저지먼트(선도위원)’ 쿠로코에게 부과된 것은 오퍼레이션 네임 핸드커프스, 학원도시의 ‘어두운 부분’을 모조리 뭉개는 계획이었다. 그 리스트 중에는 하마즈라 시아게와 타키츠보 리코의 이름도 포함되어 있고…. 쫓는 자와 쫓기는 자, 쌍방이 살아남기 위해 어쩔 수 없이 격돌하는 가운데, 문득 양쪽 모두가 느꼈다. …이 계획은 뭔가가 이상하다고. 사태를 타파할 열쇠가 되는 것은 ‘학원도시 최대의 금기’라는 수수께끼의 프레이즈인데??!