세계 최대의 스포츠 제전 「WSG」의 도쿄 개최가 임박하고 흥분의 도가니가 된 일본. 그 개회식에 맞춘 시속 1000Km의 「진공 초전도 리니어」 발표 파티 자리에 코난과 소년 탐정단이 참석해 있었다!! 그런데 파티장에서 갑자기 기업 총수들이 연달아 납치당하는 사건이 발생하고, 그 사태를 감시하는 아카이 슈이치와 FBI. 코난의 추리가 번뜩이고 아카이 일가가 집결한 일본에서, 과연 무슨 일이 벌어지려 하고 있는 것일까?!