심박정지 상태의 나츠메를 살리기 위해 호타루, 스바루, 노다 선생님은 아직 나츠메가 호흡 하고 있는 시점으로 타임트립을 한다!
호타루는 어떤 희생을 치르러라도 나츠메를 소생시키려 하지만, 그 반동으로 남매는 시공의 틈에!! 한편, 힘을 잃어 학원에 있을 수 없게 된 미캉에게는 기억을 제거당한 후 퇴학될 날이 다가오는데?! 파이널이 임박.