괴도 키드가 노리는 「운명의 보석」을 가진 여배우 마키 주리가 하코다테로 향하는 비행기 안에서 살해당했다….
코난의 추리로 사건은 해결로 향하지만, 그 사건의 여파로 코크피트에 긴급사태 발생!! 코난 일행의 비행기에 추락의 위기가…?!

북쪽 창공을 무대로 펼쳐지는 대 공중 스펙터클!!