머레이와 미나는 자전거를 타고 해안가를 돌다가 우연히 좌초된 배를 발견하고 배를 탐색한 끝에 알 수 없는 글이 적힌 일기와 신비한 큐브를 발견한다. 두 아이는 일기에 적힌 글을 해독하기 위해 갈립피 교수의 도움을 받아 마침내 일기에 적힌 글을 해독한다. 일기 속에는 가상의 세계로 데려다 주는 신비한 배 메티스호와 어떤 지도에도 나와 있지 않은 킬모어 코브 그리고 시간의 문에 대해 적혀 있었다. 머레이와 미나는 자신들이 발견한 배가 바로 시간의 배 메티스호라는 사실을 깨닫고 놀라운 상상의 모험을 떠날 계획을 세운다. 아이들은 부서진 메티스호를 고친 뒤, 어디에 있는지도 모르는 킬모어 코브를 향해 배를 띄우는데……. 과연 네 친구들은 상상의 인도 회사가 점령한 안개 고리 바다를 지나 킬모어 코브에 도착할 수 있을까? 그리고 상상의 인도 회사로 인해 위기에 처한 킬모어 코브의 운명은?