여성가족패널조사의 연구 목적은 여성의 생애주기별 경제활동의 지위 변화와 일자리 경험을 비롯해 가족과 관련한 가치의 변화, 가족관계의 변화, 가족형성 과정과 변화, 가족구조의 변화 등을 종단면적으로 추적할 수 있는 자료를 구축하는 데 있다. 이러한 내용들을 담고 있는 종단자료는 기존 패널조사에도 일부 구축되어 있으나, 이들 패널조사는 대부분 남녀의 특성을 구분해 제시하지 않거나, 여성 사례수가 부족해 필요한 변수에 대한 의미 있는 분석을 수행하기 어렵다는 한계를 가지고 있었음. 더욱이 여성의 삶에 최적화된 조사도구를 갖추지 못함으로 인해 여성의 삶에 대한 다각적이고 총체적인 정보를 구축하기 어려웠다. 여성가족패널조사는 이러한 기존 종단조사들의 한계점을 극복해 설계되었음은 물론 여성의 삶을 다양한 측면에서 접근할 수 있도록 조사되고 있다.