『삼국유사』는 총 5권으로 구성되어 있다. 내용상으로 보면 상·하 양권으로 구분되기도 하는데, 역사 사실을 주로 다룬 1, 2권은 상권에 해당하고, 불교 사실을 주로 다룬 3, 4, 5권은 하권에 해당한다. 실제 내용에서는 주제에 따라 다시 9개의 편목으로 나누어 서술하고 있다.

제1권에서는 삼국 역대 왕들의 계통을 도표로 보인 왕력, 건국의 시조와 왕들의 사적을 다룬 기이紀異2편이 들어 있다. 왕력편에서는 중국의 역사를 상단에 놓고 그 아래 신라·고구려·백제의 왕들을 시대적으로 배치하여 대비시켰다. 기이편은 제2권에까지 이어지는데, 전반부에서는 건국의 시조와 왕들을 중심으로 삼국과 그 주변 여러 나라의 유래와 역사를 이야기했다. 전반부에서 언급된 나라는 고조선을 비롯하여 위만조선·마한·진한·변한·대방·낙랑·가야·부여·말갈 등 수십 개국에 이른다. 후반부에서는 주로 신라의 역대 왕들이 중심이며, 마지막 부분에서는 후백제와 가락국에 대한 상세한 기록을 첨부했다.

제3권에는 불교를 전해준 여러 승려들의 사적을 다룬 흥법, 사찰의 탑이나 불상, 건물 등에 얽힌 일화를 다룬 탑상 2편이 실려 있다. 제4권에는 원광·자장·원효 같은 고승들의 학업과 공적을 실은 의해 1편이 실려 있다. 제5권에는 불교적 이적을 다룬 신주, 수도승들과 신도들의 정진하는 모습과 덕행을 다룬 감통, 세속을 떠나 은둔하며 덕행을 닦는 승려와 신도들의 생활 및 사상을 이야기한 피은, 효행의 미담을 전하는 효선 등 4편이 실려 있다.