“「침략자」들이 사실은 뭘 하러 온 것 같다고 생각해?”

하늘에 「모함」이 떠 있는 도쿄에서 무엇이 일어나고 있는지를 알기 위해 상경한 소녀 타케모토 후타바와 동급생 소년 타이누마 마코토. 8·31’로부터 4년. 「침략자」를 두고 미친듯이 떠들어대는 세계에서 대학생이 된 카도데와 친구들에게 새로운 만남이 찾아온다.

그리고 차례차례 밝혀지는 「녀석들」의 실태는──?!