『국민은 적이 아니다』는 두 방향에서 이야기를 끌어가고 있다. 하나는 그동안 절대적 권위를 누려오던 국방부에서 편찬한 [한국전쟁사]와 이른바 ‘전쟁영웅’들의 기록들을 치밀하게 분석하여, 그 속에 내재된 오류를 자체 논리로 하나하나 비판해 나간다. 그러면서 그는 민간인집단학살에 이르게 되는 배경으로 당시 국가권력의 무능과 이기심을 폭로하고 있다. 다른 하나는 지금까지 기밀로 관리되어오던 국가기록을 조사하면서 확인한 민간인집단학살사건의 전모를 밝히고 있다. 전쟁에 패해 후퇴를 하면서도 치밀하게 자기 국민을 집단 학살한 사실을 사단별 후퇴경로를 추적하며 밝혀내고 있다.