여기는 모스크바의 한 교도소. 한 사내가 창문쪽에 조약돌을 공삼아 던져 손으로 되돌아오게끔 하는 동작을 반복하고 있다. 그리고 교도소 안의 모든 제어장치를 조작하는 벤지 던(사이먼 페그)는 갑작스럽게 감방문을 열어 죄수들에게 혼란을 주고 교도관들은 문이 열리지 않게 가두어둔다. 또 한 지하 터널로는 제인 카터(폴라 패튼)가 교도소 밑으로 돌진하고 있다. 가까스로 이단을 구출한 멤버들...

본부로부터 새로운 메세지를 받은 이단은 멤버들과 크렘린 궁으로 침입하여 러시아 핵폭탄 발사 파일을 훔치러 들어간다. 마법커튼 까지 이용해 성공하는가 싶었는데 자신들과 같은 목적으로 침입한자들이 있었고 그들이 먼저 훔쳐가지고 가는 바람에 헛탕치게 된다. 뒤어 폭발되는 크렘린 궁. 오히려 폭발범으로 쫓기게 되는 이단. 국장을 만나지만 고스프로토콜이 발령이 되어 IMF는 사라지고 졸지에 테러리스트가 되었다는 소식을 접하게 된다. 브란트(제레미 레너)라는 새로운 멤버를 소개받기도 하지만 괴한에 의한 공격에 국장이 사망하게 된다.

이제부터는 본부의 지원없이 독자적으로 사건의 실체를 파헤쳐야하는 헌트. 새로운 동료들과 두바이로 향한다. 지난번 동료가 살해 당하면서 빼앗긴 발사암호를 가진 사빈 모로(레아 세이두)가 일면 코발트라고 불리우는 커트(미카엘 뉘크비스트)가 거래하기 위해 만나다는 정보를 얻어서 그들을 만나러 두바이로 향하는것이다. 그리고 기가막힌 작전이 벌어진다. 두바이의 호텔에 위아래층을 구해 한층은 제인 카터가 모로를 대신해서 커트의 수하인 위스트롬과 레오니드를 만나 암호문을 주고 다이야몬드를 받고 윗층에서는 이단과 브란트가 위스트롬과 레오니드를 대신해서 모로를 만나 다이야몬드를 주고 암호문을 받는것이다.

거의 모든일이 뜻대로 되는 순간 모로가 총을 드는 바람에 제인카터와 격투를 벌이다가 창밖으로 떨어져 죽고 이단은 위스트롬을 쫓아 모래폭풍속을 달려간다.애써서 추격전을 펼치지만 끝내는 잡지 못하고 위스트롬이 커트가 변장한 인물이라는것만 확인하게 된다. 이단이 장비들을 구하러 나간 동안 브란트는 자신이 어떻게 이 팀에 합류하게되었는지를 동료들에게 설명한다. 새로이 준비된 장비로 이번에는 핵 발사장치를 구하러 인도를 향한다. 또 한번 커트와의 싸움이 시작되고 핵폭발의 위험에서 세계를 구하기 위해 최선을 다한다.

새로운 시리즈가 나올때마다 새로운 신장비들이 등장하고 업그레이드 되는 액션장면들이 볼만하다. 그러 면에서는 007 영화와도 비슷함 면이 있다. 마법커튼을 펼쳐 경비원들을 따돌리고 특수빨판장감으로 고층을 기어오르고 사막의 모래폭품맛을 제대로 느끼게 해준다. 3편부터 합세한 사이먼 페그에 이어 제레미 레너까지 5편에 까지 등장한것을 보면 계속 한께 할듯하다. 본 시리즈와 어벤져스에서도 활약하는 제레미 레너의 행보가 에사롭지 않다. 물론 1편부터 함께한 빙 라메즈가 마지막 장면에 살짝 모습을 들어내고 3편의 아내였던 미셀 모나한도 까메오로 등장을 한다.