어느 날 주인공의 옛 애인인 ‘찰린’이 나타나 남아메리카 페루의 열대 우림에서 발견된 기원전 6세기경에 쓰여진 고대 문서에 대해 말하면서『천상의 예언』은 시작된다. 인간의 삶과 인류에 대한 통찰을 담은 ‘아홉 가지 지혜’가 적혀 있다는 고문서에 이끌려 페루로 건너간 주인공은 페루에 도착하자마자 영문도 모른 채 목숨을 위협하는 추격을 당한다. 그 와중에 아홉번째 지혜를 찾고 있는 ‘윌슨’이란 페루인의 도움을 받게 되고, 주인공은 그를 따라 아홉 가지 지혜를 찾는 흥미로운 여정을 시작한다.

아홉 가지 지혜들은 직접 체험 속에서 깨달아가야 하는 것이어서, 주인공은 여러 사건에 휘말리고 다양한 사람들을 만나면서 지혜들을 하나하나 깨닫는다. 지혜 하나를 익히고 나면 다음 지혜에 대한 의문이 떠오르는 식으로 내용이 펼쳐지는데, 독자들 또한 자기 삶을 돌아보면서 주인공의 탐험에 동참할 수 있을 것이다.