거대한 에너지를 머금은 정체불명의 천체가 다가온다. 클링온제국의 변방국가 우주선 세척이 괴물체를 공격해보지만 끄떡도 하지 않고 오히려 세척의 우주선이 전자파 공격을 받고 실종 되어 버린다. 한편 스팍(레너드 리모이)은 발칸 행성에서 발칸인들은 콜리나르(모든 감정을 초월하는것)라는것으로 인해 지금 까지 살아오고 있다는것을 강조하지만 스팍은 아직 거기에 미치지 못하므로 더 깨우침을 받고 오라는 명령을 받는다.

지구로 향하는 이 괴물체를 막기 위해 일선에서 물러나 함대사령관을 지내던 커크(윌리엄 새트너)선장이 엔터프라이즈호의 새로운 선장으로 돌아온다. 그러나 2년반만에 돌아 왔지만 우주선도 업그레이드가 되어 모른는 부분도 많았고 그간 커크 후임으로 이 우주선을 이끌어오던 데커(스테판 콜린스)선장과 충돌을 빚기도 한다. 그리고 몇몇 새로운 승무원들이 이송기를 통해 이송는데 한사람은 본스(드포레스트 켈리)라는 의사로 의료활동도 하지만 데커와 커크의 중간에서 적당히 중재를 하는 역할을 한다. 그리고 항해사로는 델탄성인인 아일리아 대위로 이미 다른 승무원들과는 안면이 있는듯 하고 특히 데커와는 남다른 사이였던 듯하다. 별도로 우주 비행선을 타고 나타난 사나이도 있었으니 다름 아닌 발칸인 스팍(레너드 리모이)이었다. 다들 몹시 반가워 하는 눈치인데 스팍은 표정하나 변하지 않고 자신의 일부터 하기 시작한다.

드디어 엔터프라이즈호는 그 괴물체를 향해 출발한다. 그 괴물체는 생명을 가진듯 하고 어떤 메세지를 계속 방출하면서 서서히 지구를 향해 다가오고 있었다. 한참을 나아가다가 그 괴물체를 전면에서 만난다. 둥둥대는 베이스 기타 소리 같은 큰울림이 간할적으로 들리는 독특한 소리를 낸다. 에너지는 무려 12배나 강하나 그들이 보내는 통신은 아주 오래 된 구식방법으로 보내지고 있다. 드디어 괴물 천체 안으로 들어가 한동안 진행을 하다가 갑자기 전자기파가 날아오더니 선내에 전자기둥이 생겨 빙빙돌며 승부원들을 괴롭힌다. 결국 아일리아를 몇차례 전자기파로 공격하더니 아릴리아가 어디론가 사라져 버린다. 잠시후에 이송기에 나타난 아리리아는 이전과는 겉 모습은 같지만 내적으로는 그들의 로보트화 되어 그들의 대변자 역할을 하기 시작한다.

비저라는 명령자에 의해 아일리아는 전달을 시작한다. 그들은 창조자를 찾으러 왔다는것이다. 창조자에게 계속 메세지를 보냈지만 응답이 없었고 탄소화합물(그들은 사람을 그렇게 부른다)의 과잉으로 창조자의 행성에서 밀어내야 한다는것이다. 비저는 창조자와 만나기를 원하고 창조자와 합체가 되기를 원한다는것이다. 누구나가 불완전한 존재로 누군가에게 의지 하고 싶어한다. 따라서 그들도 그 안위를 얻고 싶어 창조자를 찾으러 지구를 향한것이다. 누구나 내가 왜 여기에 있는지 의문을 갖게 되고 자신의 정체성을 찾으려한다. 하지만 쓸데없이 탄소화물들이 이것을 방해한다는것이다. 커크 선장은 말한다. 창조자는 지구행성이 아니고 바로 탄소화합물이라고... 그러나 그들은 인간은 생물체가 아니라며 믿지 않는다.

그리고 커크 일행은 그 괴물체의 기계중심부까지 침투해 들어간다. 그 중심주에는 인공위성같은 물체가 한대 있었는데 겉표면에 VGER이라고 써있었다. 그걸보고 비저라고 햇는가 보다. 그러나 글자 가운데 묻어 있는것을 지웠더니 VOYAGER라는 글씨가 선명하게 보였다. 그렇다 300년전에 NASA에서 쏘아올린 보이저 6호였던것이다. 이 보이저호가 블랙홀에 빨려들어가 은하계에서 떠돌다가 기계위성의 중력권에 빨려들어간것으로 추정을 한다. 그래서 기게위성은 보이저가 본래 해오던 일을 해온것이었다.자료를 수집하고 정리하여 창조주에게 보내려고 했던것이다.

그리고 아일리아를 사랑하던 데카는 자진해서 그곳에 남겠다는 의사를 표명한다. 전자기파가 그들을 휩싸안더니 빛과 함께 사라져 버린다. 나머지 사람들은 그들을 진심으로 축하 해주는 마음으로 먼 우주를 바라본다. 커크 선장은 두 승무원이 실종된것으로 보고 하라고 지시한다.

1966년부터 1969년까지 첫방영을 했던 스타트렉을 10년이 지나서 1979년에와서야 영화화 하자니 상당히 고생을 한듯하다. 제일 큰 문제는 역시 배우들이다. 10년이나 지난 상태니 얼마나 많이 달라졌겠는가. 특히 스팍의 레너드 리모이가 처음에 참여하지않겠다고 하여 난항을 겪었고 무엇보다 각본 때문에 영화자체가 무산될뻔하기도 했다고 한다. 좌우지간 드라마로 ,영화로 지금까지 사랑을 받고 있는것 보면 대단하다고 하지 않을수가 없다.영화의 90%가 함교내에서 이루어 지고 창밖화면으로는 우주의 모습을 재현시키는 작업으로 어찌보면 몹시 단순하다고 볼수도 있어 관심이 없는 분들에게 지루하게 비춰질수도 있다.