지금은 23세기 어느날, 이제는 어엿한 함장이 된 슬루가 엑셀시어호를 몰고 베타 행성에서의 임무를 끝내고 3년만에 귀환길에 오르고 있었다. 그때 정체불명의 커다란 에너지 전파 파도가 밀려와 기체가 뒤집어질만큼 큰 충격을 받았다. 그 원인을 추적해본 결과 클링온의 위성인 프렉시스 행성이 폭발되면서 생긴것으로 판명되었지만 클링온측은 자신의 입지가 곤란하니까 끝까지 오리발을 내밀어 보지만 에너지의 상당부분을 의지해온던 터라 클링온에게는 심각한 타격이 될수밖에 없었다.

클링온은 오존층 파괴와 경제적손실로 어려움에 빠지자 궁여지책으로 뒤늦게 은하연방에 가입하겠다고 나선다. 중립지대의 우주정거장과 혹성기지 철거를 조건으로 70년간에 걸친 적대관계를 종식시키려하는것이다. 이에 은하연맹은 평화사절로 커크 선장과 스팍을 보낸다. 커크는 클링온에게 아들을 잃은 아픔이 있기에 선뜻 나서기는 싫었지만 별수없이 나설수밖에 없었고 USS 엔터프라이즈호에서 만찬을 열기로 한다. 평의회 의장인 골킨을 비롯해 챙 장군,공주까지 클링온 제국 지도자들이 초청되어 식사를 나누지만 뭔가 어정쩡하고 어색한 분위기를 유지하다가 돌아간다.

문제는 그들이 돌아간 순간 커크의 의사와는 상관없이 엔터프라이즈호에서 무차별공격이 가해지고 괴한 두명이 클링온의 우주선을 습격하여 몇몇 각료가 죽고 골킨도 중상을 입게 된다. 오해를 풀기 위해 커크와 본즈가 냉큼 달려가보지만 오히려 골크 의방을 죽인 살인범으로 몰려 체포된다. 곧바로 재판을 받게되지만 엔터프라이즈호에서 공격이 이루어졌고 아들때문에 생긴 반감으로 복수를 한것이라고 몰고가니 유죄를 받을수밖에 없었다. 루라펜더라는 광산에 유배를 당하게 되는데 이곳을 살아서 나온 사람이 하나도 없다고 할 정도로 악명이 높은곳이었다.

한편 스팍은 오해를 벗기 위해 진범을 찾고자 애를 쓰지만 좀처럼 꼬리를 잡기가 힘들다. 분명히 내부에 연방정부의 전복을 꿈꾸는 자가 있을것이라는 심증만 갈뿐이었다. 그리고 커크와 본즈는 모든 변신이 가능한 마티아라는 요상한 여자의 도움으로 루라펜더에서 간신히 탈출하여 자기장막을 빠져나오고 스팍에게 감지 되어 구조하러 출동한다. 하지만 변장술이 뛰어난 마티아라는 여자도 함정을 파놓고 구해준셈이었는데 커크와 본즈는 간신히 그들을 물리치고 우주선으로 돌아온다.

커크 일행은 키토미에서 비밀리에 평화회담이 열린다는 정보를 얻어 긴급히 달려간다. 슬루함장이 탄 엑셀시어호도 커크를 돕기위해 본부에 연락도 하지 않고 달려간다. 그리고 이번에 처음 엔터프라이즈호에 탑승한 벌컨족 여성중위가 한패였음을 스팍이 알아내고 키토미 회의장에 음모가 있음을 알아낸다. 마침 숨어있던 클링온의 챙 장군이 엔터프라이즈호를 공격하기 시작한다. 이에 스팍은 클링온들이 에너지를 사용할때 가스를 이온화한다는 점을 알아내고 급조한 어뢰를 발사해 폭발을 시킨다. 기다렸다는듯이 슬루의 함선에서도 합동으로 공격하여 챙 장군을 제압한다.

급히 서둘러 키토미 회담장으로 달려가서 연방회의 의장을 암살하려던 카트라이트 제독, 로뮬린의 대사등을 체포하여 사건을 마무리 짓는다. 그자리에서 골킨의 딸인 공주는 커크에게 부친의 신념을 되찾아 주어 고맙다고 하고 커크는 아버지가 자신의 아들을 돌려주셨다고 고맙다고 한다.

커크는 본부에서 돌아오는 지시가 내려졌것만 또 다시 일행들과 다시 우주를 향해 떠난다. 그러면서 다음과 같이 말한다.

이번이 내 지휘하에 마지막 여정이 될것이다. 함선과 과거는 다른 대원의 보살핌을 받게 될것이다. 우리는 그들과 그들 자손에게 우리의 미래를 바칠것이다. 그 자손들은 우리가 시작한 탐험을 게속할것이고 우주의 모든 미 개척지를 여행하게 되리라. 누구도 가보지 못한 인간의 발길이 닿지않는 미지의 세계를...

이로써 드라마 THE ORIGINAL SERIES(TOS) (거침없는 우주항해의 시작)를 담고 있는 극장판 영화 6편이 끝이 났다. 비록 3시즌으로 끝났지만 트레키(Trekkie)를 만들어낸 첫작품이라는 것에 의의를 달사람은 없을것이다. 그래서 영화를 6편이나 찍을수 있었는지도 모른다. 1966년에서 1969년에 방영된후 10년이 지난후 1979년부터 1991년까지 영화를 찍은것을 감안하면 무려 20년이상을 같은 캐릭터를 연기하는라 고생이 많았을듯하다. 커크,본즈,스팍,스콧,슬루,체코프,우후라등 7인방은 끝까지 합께 영원한 전우들이었다. 이제는 늙은 노인들이 되었겠지만 지금의 미드의 시초였던 추억의 드라마 주인공으로 영원히 기억하고 싶다.