재앙의 씨앗으로 지옥의 불꽃에서 태어나 이 땅에 불려온 헬보이. 그는 인자한 브룸 박사의 손에 이끌려 악의 구렁텅이에서 구원을 받는다. 브룸 박사는 헬보이를 영웅으로 키워내고, 그가 이끄는 비밀 정부 조직인 '초현상 조사 방어국(B.P.R.D.)' 에서 헬보이는 새로운 가족을 만난다. 텔레파시를 쓰는 수중 인간 에이브 사피엔, 불을 일으키는 여자 리즈 셔먼, 그녀는 헬보이의 사랑이기도 하다. 사람들을 보호하면서도 그들의 시선으로부터 숨어서 활동하는 B.P.R.D. 가족들은 헬보이에게 악의 면을 부활시킨 후, 그의 힘을 이용해 인류를 파괴하려는 악의 무리에 맞서 싸운다.