이 책의 Ⅰ부에서는 윤동주 시의 실존의식을 재해석할 필요가 있다는 문제의식하에, 윤동주 시의 실존적 변화 과정을 분석하고 그 속에서 드러나는 종교?철학적 사유의 정신사적 의미를 규명하고자 하였다. 이를 위해 윤동주의 시를 실존적 단계에 따라 심미적 실존, 윤리적 실존, 종교적 실존 등으로 구분하고, 각 실존 단계에서 나타나는 윤동주 시의 종교?철학적 사유의 성격을 윤동주 당대에 전개되었던 유신론적 실존주의, 조선적 기독교, 고난의 신정론 등을 통해 분석하였다.
그 동안 선행연구들은 윤동주 시의 변화 과정에 주목하지 못하거나, 변화 과정을 주목하더라도 초기 시를 배제하거나 그 종교?철학적 사유를 무시하여 윤동주 시의 실존의식을 온전히 드러내지 못하였다. 그래서 이 책은 윤동주 시에 나타나는 실존의식의 변화과정을 살피기 위해서, 유고 시 전체를 키에르케고어가 언급한 ‘실존의 삼 단계’에 따라서 구분하여 그 종교?철학적 사유를 분석하고자 하였다.

현재 윤동주와 관련된 여러 서지자료들이 남아있다. 그가 자필로 쓴 시 원고들이 사진판으로 출판되어 있기도 하고, 그가 독자였거나 필자로 참여했던 잡지와 신문, 그가 소장하고 있었던 도서 목록과 스크랩북, 생전의 행적에 대한 주변인들의 증언과 유품 등이 비교적 잘 보존되어 있다. Ⅱ부에서는 이러한 서지자료의 실증적인 분석을 통해서 윤동주의 시와 삶을 논의해 보고자 했다.
이를 위해 「윤동주 평전」과 「(사진판) 윤동주 자필 시고전집」에 실린 습작 노트, 자선 시집, 습유 작품, 자필 메모, 스크랩북 등을 기본 자료로 삼아, 윤동주가 어린 시절에 구독한 어린이 잡지 「어린이」와 「아이생활」, 청소년 시기에 작품을 게재한 「숭실활천」과 「가톨릭소년」, 연희전문 입학 후에 작품을 게재한 「조선일보」?「소년」?「문우」, 그리고 해방 이후 1차 교육과정에서 7차 교육과정 시기 국어?문학 교과서 등의 서지자료에 대한 실증적인 고찰을 통해 윤동주의 시와 삶을 새롭게 조명해 보았다. 이를 통해 윤동주 시 창작에 영향을 준 청년 문필가 윤영춘, 동요?동시 창작의 계기가 된 어린이 잡지, 윤동주에게 미친 박치우의 영향, 숭실학교 종교부, 윤동주와 숭실 편집부원 이영현, 윤동주 시에 나타나는 후기인상주의 미술의 영향, 전통문화의 현대적 계승에 대한 윤동주의 관심, 윤동주 시의 교과서 수록 양상 등을 살펴보았다.