거대한 두 개의 악의 조직인 마그마단과 아쿠아단이 손을 잡았다. 한편 다시 만나게 된 루비와 사파이어의 마음은 엇갈리기만 하고... 서로의 생각이 어긋나는 와중에 마침내 두 마리의 초고대 포켓몬이 오랜 잠에서 깨어났다.