동부와 남부 경계 지점을 여행 중이던 엘릭 형제는 연금술사가 통치하는 마을 '위스타리아'로 시찰을 가게 된다. '등가교환'을 법으로 삼은, 누구나 평등한 지상낙원과 같은 마을이지만 왠지 에드워드는 썩 내키지 않는다. 그 마을에서 알폰스는 한 소녀를 만나면서 '원래 몸으로 돌아가고 싶다.'는 자신의 소망에 의문을 품게 된다. 각자 다른 생각을 가진 이 둘의 눈 앞에 펼쳐진 진실은…?