『마흔아홉 통의 편지』는 2001년 『아름다운 집』, 2003년 『유령의 사랑』으로 이어진 손석춘 소설 3부작의 마지막 편이다. 저자는 3부작에 걸쳐 끊임없이 우리의 삶과 역사의 진정성 회복을 위한 모색을 요구해 왔다. 이 땅에서 노동자로, 지식인으로 살아간다는 것. 남과 북으로 50년 이상을 대립하며 살아온 분단 조국의 현실에서 우리는 어떤 모습으로 살아가고 있으며, 또 어떻게 살아가야 하는지에 대한 그의 고뇌는 계속 이어진다. 한국의 근현대사를 소재로 한 저자의 소설들은 인간에 대한 사랑과 배려, 그리고 역사에 대한 올바른 시각을 독자들에게 전하고자 노력한다. 저자는 좌절과 절망이 아닌, 반드시 찾아올 우리의 희망을 노래하고 있다.

이 책은 제목이 말해 주듯이 편지 형식을 빌려 독자들에게 마흔아홉 통의 사연을 들려준다. 『아름다운 집』에서 해방공간에서 고뇌하는 지식인 이진서의 일기를 소개하고, 『유령의 사랑』에서 이 땅의 언론인으로 살아가는 자신의 고뇌를 토로했던 한민주가 해외 입양아인 한 여성이 자신의 정체성을 찾아나서는 데 안내인 역할을 하고 있다.