김종훈 목사는 3대째 대를 이은 목사 가정에서 자랐으며, 1982년 1월 도미(渡美)하여 New York Theological Seminary(M.Div.)와 Columbia Theological Seminary(D.Min.)에서 공부했다.

뉴욕예일장로교회를 1993년에 개척하여 지금까지 30년간 시무하며 뉴욕의 해외한인장로회 교단의 대표적인 교회로 성장시켰고, 2015년에는 교단 총회장을 역임했다. 2021년부터는 해외한인장로회 뉴욕장로회신학대학(원) 학장으로 취임하여 신학생 양성에도 힘쓰고 있다.

김종훈 목사는 대뉴욕지구한인교회협의회 회장(2012년)을 역임했으며, 2022년에는 교회와 지역사회를 섬기는 일에 앞장섬으로 교계에 귀감이 되어 목회자 상을 수상했다.

선교 사역에도 주력해온 김종훈 목사는 2021년부터 CTS뉴욕TV 방송 초대 후원 이사장을 맡아 방송선교에도 적극 활동을 어어가고 있으며, 2008년부터 시작된 니카라과 전도대회를 위한 선교회장으로 현재까지 대회 주 강사 및 현지인 목회자 세미나 인도자로 섬기고 있다.

저서
『견고한 믿음』
『행복한 교회생활』
『복된 소낙비』