이 오래되고도 새로운 물음에는 아직 해답이 없다. 이를테면 자연도태와 무관한 돌연변이가 있기도 하고, 종형성시에 한해서만 급속하게 진화가 이루어지고, 획득형질이 유전하는 것 같이 보이기도 하며, 자연도태를 대신하는 서식역분할이 관찰되기도 한다. 또한 분자생물학에서는 바이러스가 생물진화에 중요한 기여를 할 가능성조차 엿보이고 있다.