세계의 끝을 고하듯 달 표면에 출현한 '검은 거인' 아르마로스가 날린 룽기누스의 창에 의해 '조여지는' 미증유의 천재지변에 노출된 지구.
그런 혼란 속, 슈퍼 에반게리온과 신지 앞을 막아선 것은 '반장' 호라키 히카리가 조종하는 하얀 에바 2호기 '에바 EURO ⅡI'였다.
다양한 세력의 생각이 뒤섞이는 가운데 신지와 아야나미, 변이의 원인을 찾기 위해 달로 향한 아스카, 제레의 발자취를 찾는 카지와 켄스케, 아야나미 No.카트르에게 납치된 미사토가 다다른 곳은?
TV 애니메이션 제24화에서 분기된 또 다른 '에반게리온'의 가능성의 이야기가 여기 되살아난다.