모험의 무대는 칼로스지방에서 호연지방으로!!
진화를 넘어선 진화!! 메가진화의 비밀을 풀어라!!

메가진화에 대한 비밀을 풀기 위해! 최강이 되기 위해 배틀 여행을 하고 있는 알랭과 리자몽! 호연지방에서 그를 기다리고 있는 것은 새로운 메가진화 포켓몬과 호연지방의 포켓몬리그 챔피언 성호였다. 호연지방에 잠들어 있는 전설의 거석과 메가진화의 상관관계는? 모든 열쇠가 모이면 메가진화의 수수께끼가 풀린다. 그리고 모든 수수께끼를 풀었을 때 하늘에서 전설의 포켓몬이 출현하는데...