새해, 도쿄. 하루토라를 추적하는 나츠메는 오랜만에 이 도시로 돌아왔다. 주술계를 뒤흔든 그날 밤으로부터 1년 반. 옛 동료들이 지금 어떻게 지내고 있는지 신경 쓰이면서도, 만나면 민폐를 끼치게 될 것이라고 생각하는 나츠메에게 아키노의 소박한 말이 내리꽂힌다.
“나츠메는 괜찮아? 친구를 만나지 못해도 괜찮아?”
한편 밤의 도쿄 한편에서는 음양청이 쳐둔 ‘미끼’에 큰 사냥감이 걸려들었다. 시작되는 격렬한 주술전. 출동한 ‘12신장’과 대치하는 것은―.
변해가는 것, 변하지 않는 것. 주술과 음모가 소용돌이치는 도쿄에서 다시 운명이 움직이기 시작한다!