『조선총독부공문서종합목록집』은 각 기관에 산재해 있는 기록철 일체를 재분류해 이들 간의 논리적 질서를 회복해주고, 이들 문서에 대한 목록정보를 제시함으로써 남아 있는 총독부 문서의 내용과 소장처를 일목요연하게 확인할 수 있는 기능을 한다. 이를 위해 우선 소장기관별로 분산된 목록을 종합한 후, 조선총독부 및 지방관서·소속관서 등의 조직과 세부 기능을 처무규정 등을 통해 파악하고, 이에 따라 분류체계를 개발한 후 여기에 기록 사료를 적절히 배치했다. 이를 통해 기존의 수평적 간략 목록이 지니는 한계를 극복하고 문서군에 대한 체계적 안내를 해줄 수 있을 것이다.