1915년 광산군 하남면 출생. 부친으로부터 한학 및 침구학 전수받고, 연구하였다. 1943년 남수침술원을 개원하였다. 서울맹학교 교과서 재정위원 및 심의위원, 중국 북경 침구골상학원(현 북경중의약대학) 객좌교수, 세계침구학회연합회(WFAS) 침구의사고시위원 및 교육위원, 사단법인 대한침구사협회 봉사단장이였다. 현재 남수침술원 원장, 맹학교 교재심의위원, 뜸사랑 회장/뜸사랑 봉사단 단장, 정통침뜸교육원원장/정통침뜸연구소 소장, 녹색대학 석좌교수이며, (사)허임기념사업회 이사장과 (사)효행봉사단 회장으로 활동중이다.

김남수는 자신의 뜸시술 방법을 '무극보양뜸'이라 하여, 자신이 회장으로 있는 뜸사랑이 설치한 전국 23곳의 봉사실을 통해 무료로 뜸사랑의 임상실습 겸 환자진료를 하고 있다. 시술을 받은 사람들은 그 효과를 인정하는 경우가 다수 있으나 의료법상 불법 뜸시술 방법으로 45일간의 진료자격 금지를 받았다. 이에 김 옹과 남수침술원은 서울시를 상대로 법원에 침사 자격정지 처분 취소 청구소송을 제출했으나 법원은 침구사(灸士) 자격증이 없는 침사에게 서울특별시가 자격정지 처분을 내린 것은 정당하다며 서울특별시측의 승소를 판결하였다. 판결 직후인 2009년 7월 김남수는 대한민국에서 뜸시술을 할 수 없다고 선언하였다.

한편, 2009년 2월 민주당 김춘진 의원 등은 뜸시술의 자율화를 위한 '뜸시술 자율화법'을 발의하였다. 이 법은 "일정 교육을 받으면 봉사차원의 비영리적인 목적에 한해 의료면허 없이도 누구나 뜸을 뜰 수 있도록" 하고 있다. 당시 김남수는 발의 의원들과 함께 국회에서 기자회견을 열어 "뜸은 본디 부작용이 없고 시술 방법이 간단해 누구나 집에서도 뜰 수 있다"고 주장한 바 있다.

또한, 정통침뜸교육원을 통해 교육받은 인원만 총 4천 명에 달하는 것으로 알려져 있다. 이 외에 김남수는 김영삼, 조정래, 장준하 등 유명 인사들을 치료한 것으로 유명한데, 이 중 장준하에 관한 것은 사실 여부는 불분명하다. 김남수는 여러 차례 언론 매체를 통해 김영삼, 조정래 등 유명 인사들을 자신이 치료하였다고 주장해 왔다. 그가 치료한 것으로 알려진 유명 인사 중에는 독립운동가 장준하도 포함되어 있었고 이에 대해 장준하의 장남은 김남수의 주장이 사실 무근이라 주장하며 논란이인 바가 있다.

저서로는 『뜸의 이론과 실제』, 『평생건강을 위한 침뜸이야기』, 『침구사의 맥이 끊어지면 안된다』, 『침구사를 키워 인류를 구해야』, 『생활침뜸의학』, 『침뜸의학개론』, 『경락경혈학』, 『장상학』, 『침뜸술』, 『병인병기학』, 『취혈자침실기』, 『침뜸진단학』, 『경락학』, 『침사랑 뜸사랑, 아~내사랑』 등이 있다. 그는 뜸 치료란 자신이 새로 개발한 비방이 아니라 우리 민족이 수천년 동안 이어온 전래 민간요법인 것임을 전하며 민간요법인 침과 뜸을 통해 나눔과 희생의 정신을 실천해왔다.