“저, 이 사건에 대해 다 알았을지도 모르겠습니다.”

프톨레마이오스를 자칭하는 기계 새의 인도를 받아 엘멜로이 2세를 동반한 시계탑과 아틀라스원의 합동 발굴 조사단은 해저의 알렉산드리아 대도서관으로 잠입한다.
한편 그 무렵, 에르고와 린도 합동 발굴 조사단에 아틀라스원의 반역자가 있다는 시온의 이야기를 들어 다른 루트를 통해 해저 유적으로 가고 있었다.
기괴하기 짝이 없는 파라오 살인 사건의 진상은?
고고학과(멜루아스테아)의 군주(로드), 카르마글리프는 무엇을 노리는가?
알렉산드리아 대도서관에 기록되었다는 에르고의 정체란?

유구한 시간의 바닥에 잠긴 진실이, 이 순간 떠오른다──.