미국 소도시 몬타 클레어에 사는 외눈박이 소년 패치는 남몰래 좋아하던 아름다운 소녀 미스티 마이어가 낯선 남자에게 잡혀가는 장면을 목격한다. 자칭 ‘해적의 피’를 물려받았다는 패치는 남자에게 달려들어 미스티를 구해내지만 끝내 자신은 빠져나오지 못하고, 컴컴한 미지의 공간에 감금된다. 소년은 그곳에서 숨을 쉴 때마다 영혼이 빠져나가는 듯한 고통과 참혹한 생에 대한 두려움에 몸서리친다. 그리고 그때, 빛 한 점 없는 어둠 속에서 패치는 구원의 목소리를 듣게 된다. 그레이스……. 소년의 인생을 송두리째 뒤흔들 구원자. 소년의 꿈이자 악몽이자 모든 색조의 시작이 될 단 한 소녀.

한편, 또 다른 소녀 ‘세인트’는 패치가 사라진 숲 한가운데 서 있다. 한 아이가 실종되었고, 며칠이 지나자 아이의 죽음이 섣불리 예견되었고, 몇 주가 지나자 어른들의 관심은 일상으로 돌아가버린다. 소년의 실종에 얽매인 건 오직 세인트뿐인 상황에서, 소녀는 가장 행복해야 할 졸업 전야제에 어두컴컴한 지하실로 들어가게 되는데……. 본 적 없는 소녀를 찾겠다는 일념으로 수십 년의 어둠을 항해하고 마는 해적 패치는 그녀를 다시 만날 수 있을까? 한 해 한 해가 세월이 되고, 희망이 집착이 되고, 사랑이 사랑을 해치는 시간 속에 남는 것은 무엇일까?