『일본고고학사와 식민지고고학을 만나다』는 크게 6개의 장으로 나누어져 있으며 고고학 전사에서 유적유물에 대한 관점, 에도시대의 고고학적 연구, 메이지 시대의 고고학, 다이쇼 시대의 고고학, 쇼와 전기의 고고학, 현대의 고고학에 관한 내용을 수록하고 있다.