세계 곳곳의 바다에서 이유를 알 수 없는 해난 사고가 잇따라 일어납니다. 아로낙스 박사는 링컨 호를 타고 미지의 바다생물의 찾아 나섰다가 그 정체 불명의 괴물의 공격을 받게 되지요. 바다에 빠진 아로낙스 박사는 괴물의 등에 올라타게 되고, 그 정체 불명의 괴물이 사실은 사람이 만든 잠수함이라는 것을 알게 됩니다. 괴잠수함 노틸러스 호를 타게 된 아로낙스 박사와 그 일행은 네모 함장과 함께 신비로운 바닷속 여행을 떠납니다. 이 책의 마지막에는 논술 문제가 실려 있어 책을 읽고 자신만의 생각을 써볼 수 있게 구성되어 있습니다.