이 책은 소아미비로 왼쪽 다리가 불편한 ‘도도’가 엄마 없이 자란 ‘반이’라는 친구를 사귀게 되면서 조금씩 세상을 배워나가는 과정을 그린 성장동화입니다. 서로 다른 환경에 놓인 세 명의 아이들(도도, 반이, 문이)이 등장하는데 이들은 각각 자신만의 고민을 가지고 있습니다. 도도는 어렸을 때 앓은 소아마비 때문에 왼쪽 다리가 짧아 친구들 앞에서 늘 부끄럽습니다. 반이는 엄마가 집을 나가버렸고, 아빠까지 실직하여 언제나 쓸쓸한 집에 남겨져 있습니다. 문이는 무역회사 사장님인 아버지, 디자이너인 엄마와 함께 부유하고 넉넉한 집안에서 자라고 있지만 엄마의 사랑이 집안 곳곳에 묻어 있는 도도네 집을 늘 동경합니다.

세 아이들은 서로 자신의 처지가 다르다는 것을 알게 되고, 세 아이 모두 자신에겐 무엇인가 결핍되어 있다고 생각하고 고민합니다. 그러나 결국 아이들은 두 가지 공간에서 서로 하나로 통하고 있음을 발견합니다. 하나의 공간은‘고래뱃속’이라 이름 지은 산 속 비밀동굴이고, 또 하나의 공간은 언제나 따뜻한 이야기를 들을 수 있는 엄마의 무릎입니다. 꿈, 사랑, 용서를 배우는 '무릎 위의 학교'에 대한 이야기가 펼쳐집니다.