나그함마디 문서는 초기 기독교 시대에, 현재 정통파 교회라 칭하는 바로 그 성경 해석에 정면으로 도전했던 교파가 있었음을 보여준다. 뿐만 아니라 영지주의와 정통파 교회 사이에서 어떤 교리 상의 차이가 있었으며, 왜 영지주의자들이 이단으로 배척받고 정통파로부터 그토록 극심한 탄압을 받아 결국 사라지게 됐는지도 알려준다. 예수의 부활이 육체적인 부활인가 영적인 부활인가, 신이 정말 유일한 존재인가, 하느님은 남성인가 양성인가 여성인가, 순교는정말 필요한 것인가 등이 이 책에서 다룬 영지주의와 정통파 사이의 갈등 요소들이다.

저자는, 영지주의가 정통파와 이토록 다른 해석으로 싸우다 결국 사라지게 된 이유는 그들의 종교적 순수성 때문이라고 해석한다. 정통파에서는 '신-사제-교인'으로 이어지는 철저한 신분체계와 순교 등으로 묶어낸 교회의 단결 그리고 신에게 신앙을 고백한 것만으로도 교인으로 인정하는 다소 쉬운 입교 정차 등이 있었지만, 영지주의에서는 물욕과 성욕의 억제를 비롯하여 철저한 자기 수행 만이 진정한 기독교인의 자세라고 주장함으로써 대중 종교로의 가능성을 잃어버렸다는 것이다. 또 영지주의를 보면 마치 동양 종교에서 도 닦는 것과 유사한 내용이 보인다. 역시 저자는 중동 지역에서 동양 사상과 접점이 있었을 것이라고 설명한다.