인간은 미생물과 분리된 개체가 아니라 장·구강·피부·비뇨생식기 등 여러 생태계에서 박테리아·바이러스·고세균·곰팡이와 상호작용하는 복합 생명체다. 이 미생물 공동체와 그 유전자·대사산물·생활환경은 소화와 대사, 면역과 염증, 감염 방어, 신경계, 약물반응, 암 치료에 영향을 줄 수 있다. 그러나 관찰된 연관성이 곧 인과관계나 치료 효과를 의미하지는 않는다. 이 책은 마이크로바이옴을 ‘유익균 대 유해균’이라는 단순한 구도에서 해방하고, 생태계·기능·균주·숙주·환경의 상호작용으로 설명한다. 확립된 지식, 임상적으로 활용되는 기술, 유망하지만 검증 중인 연구, 아직 가설에 가까운 주장을 구분해 현재의 과학적 경계선을 보여준다.