암흑대장군이 이끄는 고대 미케네인의 지상 정복이 시작된다. 천하무적을 자랑하던 마징가 Z도 상처를 입게 되고, 이를 알게 된 코지의 아버지, 카부토 겐죠는 비밀리에 제작된 새로운 그레이트 마징가를 출동시킨다..