마법 목걸이 사건으로부터 2년 후, 소년 마법사 나타니엘은 내사국장 보좌관으로 파격적인 승진을 한다. 그에게 맡겨진 최대 임무는 바로 정체불명의 저항 단체 레지스탕스를 끝장내는 것. 하지만 키티와 레지스탕스 대원들은 쉽게 정체를 드러내지 않고, 점차 상관들의 압력이 거세지는데, 런던에는 몇 가지 대형 사고들이 연달아 터진다. 과연 레지스탕스가 벌인 짓일까, 아니면 그보다 더 무서운 자들의 소행일까? 나타니엘은 바티미어스를 다시 소환하고, 이들은 적국의 수도 프라하로 건너가는데…. 그들은 사건을 해결하고 돌아와, 잃어버렸던 명예를 회복하고 정부 내의 교활한 적대자로부터 누명을 벗을 수 있을까?