로쿠조 미하루- 주변에 무관심한 점만 빼면 평범한 중학생. 그러나 그의 몸 속에는 닌자의 세계- 숨은 세계를 낳은 최대 최강의 비술 "삼라만상"이 봉인되어 있다. 이가 닌자의 일파로서 현재도 당당한 세력을 유지하고 있는 "카이로슈"는 미하루를 수중에 넣기 위해 행동에 착수한다. 한편 미하루가 다니는 반텐 중학교의 영어강사 쿠모히라 토바리 듀랜달과 미하루의 친구, 코이치는 미하루의 방패가 돼주는 닌자. 이가와 후마가 개입된 닌자 세계 분쟁의 중심에 놓인 미하루. 무관심 생활을 되찾을 방법은- 닌자의 왕이 되는 길뿐! 원치 않던 닌자의 세계로... 이제 소년의 싸움이 시작된다!