감시자 역에서 해고당한 카스미는 한 마디 예고도 없이 쿄스케의 앞에서 모습을 감췄다. 그녀가 남긴 것은 겨우 세 줄의 의미를 알 수 없는 메시지뿐이었다. 작은 단서를 의지해 카스미의 행방을 좇는 쿄우스케. 이때, 나타난 소녀, 미나세 리카가 당황하는 쿄스케에게 말한다. "내가 당신의 새로운 감시자예요."
그 즈음 카스미는 통합계획국의 본부에서 레벨리온 원종 중 최후의 생존자인 즈옌과 만난다. 그의 입으로부터 밝혀진 통합계획국의 무서운 비밀이란…? 마침내 밝혀진 카스미의 과거. 그리고 제2단계 레벨리온의 진짜 능력. 클라이맥스를 향해 가속하는 하이브리드학원 서스펜스 제4탄!!