중등부가 주최하는 신년회에 초대받은 미캉과 호타루. 나츠메와 루카도 여장을 하고 함께 참석하기로 한다. 빈틈을 타 혼자 중등부 지하에 잠입한 나츠메를 기다리고 있던 것은…?! 한편, 나츠메가 걱정되어 뒤를 쫓아간 미캉과 친구들에게 위험능력계의 앨리스를 총집결한 학원의 어둠이 닥쳐온다!! 그리고, 드디어 밝혀지는 휴우가 형제의 비밀이란?!
예측불허 학원 앨리스에서 펼쳐지는 깜찍발랄 신기막측 사건사고들!