고등소학독본의 내용은 국민, 역사, 이과, 지리, 기타로 나누어 다루었으며, 그중 역사는 일본고대, 일본중세, 일본근세, 일본근대와 같이 시대별로, 이과는 식물, 동물, 광물, 물리, 자연, 천문으로, 지리는 일본지리와 세계지리로, 기타는 수신, 언어, 설화, 가정, 서간, 잡류로 세분화할 수 있다.