1945년 일본 후쿠오카의 야와타(지금의 기타쿠슈)에서 태어났다. 그리 평탄하지 못한 가정사 때문에 할머니의 손에서 자랐다. 지극히 내성적인 성격 탓에 남 앞에 나서기를 두려워해 일찍부터 책 읽기와 공상으로 빠져들었다.
1977년 《물속의 노래水中の聲》로 규슈예술제 문학상을 받으며 본격적인 작품 활동에 들어갔다. 그리고 《냄비 속과鍋の中》으로 1987년 제97회 아쿠타가와 상을 수상했다. 그 후 이 작품을 구로사와 아키라 감독이 《8월의 광시곡》이란 제목으로 영화화했고, 무라타의 또 다른 작품인 《와라비코노蕨野行》역시 온지 히데오 감독에 의해 동명의 영화로 만들어져, 일본의 권위 있는 영화잡지〈키네마 준보〉가 뽑은 2003년 최고의 영화 10선에 드는 등 평단의 호평을 받았다.
그 밖에도 《망조望潮》로 가와바타 야스나리 상(1998년)을, 한국와 일본의 장례식 문화를 소재로 한 《용비어천가》로 예술선장 문부대신상(1999년)을 받았다. 무라타 기요코는 지금도 여전히 ‘삶과 죽음’을 키워드로 해 왕성한 창작 활동을 하고 있으며, 가와바타 야스나리 문학상 심사위원단이기도 하다.