통합계획국에 납치당한 하나를 되찾아오기 위해, 아레스 부대의 생존자가 숨어 있는 호화 여객선으로 진입한 쿄스케와 카스미. 하지만 통합계획국이 보낸 자객에 의해 쿄스케의 동료들은 잇달아 다치고 쓰러진다. 몸소 부상을 당해가며 보이지 않는 암살자의 능력을 간파한 쿄스케였지만, 모습을 드러낸 적의 정체는 너무도 의외의 인물이었는데?!

새로운 레벨리온 "언더커버즈"와 통합계획국의 신 장비 "아테나 시스템" 등도 등장. 그리고 끊임없이 이어지는 전투 속에 쿄스케, 카스미, 모에 세 사람이 각자 내린 최후의 결단은?! 미쿠모 가쿠토가 선물하는 하이브리드 학원 서스펜스가 드디어 완결. 숨 쉴 틈조차 없는 이야기는 마지막까지 속도를 더한다!!