고등학생인 호시미야 유우키는 같은 아파트에서 혼자 사는 소녀 아마나가 사야카를 좋아한다. 그녀와 보내는 나날에 행복을 느끼는 유우키였지만, 어느 날 밤 ‘패러독스’라고 자칭하는 의문의 소녀가 나타나 유우키에게 고한다.
“있잖아, 틴다로스가 올 거야. 평행우주에서부터 아마나가 사야카를 죽이러.”
이윽고 평온한 일상은 붕괴되고 사야카를 노리는 ‘틴다로스’가 움직이기 시작한다. 유우키는 사야카의 죽음을 막기 위해서 평행우주로 떠나는데?!