《26층 나무 집》에서 설계도를 보여 주며 13층 더 높아진 《39층 나무 집》을 예고한 앤디와 테리. 마침내 ‘39층 나무 집’의 완성을 눈앞에 두고 있다. 트램펄린, 롤러코스터, 초콜릿 폭포, 오페라 하우스, 아기 공룡 동물원 등 신나고 재미난 새로운 층들이 생겨나고, 맨 꼭대기 39층은 비밀에 싸인 채 막바지 공사 중에 있다. 테리는 39층 앞을 큼지막한 ‘접근 금지, 일급비밀’ 표지판 들로 막아 두고 대체 무엇을 만들고 있는 걸까? 앤디도, 독자들도 궁금해 죽을 지경인 찰나, 여지없이 출판사 사장 큰코 씨가 나타나 원고를 독촉한다. 39층을 짓느라 그림은커녕 글도 한 줄 쓰지 못해 초조해하는 앤디와 달리, 테리는 제때 원고를 갖다 주겠다며 큰소리친다. 39층에‘비장의 무기’라도 숨겨져 있는 걸까?