주인공인 장군이는 먹는 것을 가장 좋아하는 뚱보. 그래서 학교에서도 집에서도 뚱보라고 놀림을 받는답니다. 하지만 또 다른 주인공 달식이는 장군이와는 반대로 키도 작고 힘도 없어서 놀림을 받습니다. 이런 달식이에게 문제가 생겼습니다. 누군가에게 놀림을 받거나 꾸중을 듣거나 혼나거나 하면 몸이 작아지는 것이었습니다. 결국 개미만큼 작아져서 어느 날 장군이의 콧구멍 속으로 들어가게 된답니다. 그 후로 둘은 둘도없는 친구 사이가 되어 서로 도우며 달식이의 몸이 다시 커질 때까지 많을 일들을 겪게 됩니다.

『콧구멍 속의 비밀』은 자유롭게 놀 시간도 없이 늦은 시간까지 피아노 학원, 미술 학원, 영어 학원 등에 가야 하는 요즘 어린이들의 생활 이야기를 통해 그들의 마음을 이해해 주고, 또한 부모님의 잔소리와 꾸지람 속에 사랑이 담겨 있다는 사실과 친구와의 우정의 소중함을 깨닫게 해 줍니다.