새로운 이야기가 시작되었다. 오박사의 연구를 위해 자료를 모아오기로 한 소녀가 새 포켓몬 도감을 받아 무궁 시티를 향해 출발했다. 목표는 모든 포켓몬을 잡아오는 것. 이 무렵, 오랜 잠에서깨어난 전설의 포켓몬 스이쿤. 이들을 둘러싸고 흥미진진한 이야기가 전개된다.