20XX년, 인류 중에서 갑자기 출현한 능력자들…어떤 자는 육체를 변이시키고,어떤 자는 초현실적인 힘을 휘둘렀다.사람들은 그들을 가리켜 '얼터드(변이체)'라고 했다..! 진에게 인질 구출을 부탁 받은 카이토 일행은 모우리 교수를 찾아간다.허나 감금 장소인 '이클립스'의 정보를 알려주는 대가로 모우리가 요구해 온 것은, 누구도 예상치 못한 것이었다…?모우리의 무리한 요구를 이겨낸 일행은 '이클립스'의 심연으로 돌입!얼터드의 능력이 무효화되는 '이클립스'속에서, 사토루를 포함한 인질을 탈환할 수 있을까...?!