2039년. 화성을 찾아간 탐사팀은 외계문명의 유적을 발견하지만, 갑자기 날아든 생명체 타르시안의 손에 의해 전멸하고 만다.

그 뒤 지구문명은 유적에서 발견된 테크놀로지로 비약적으로 발달. 타르시안의 추적, 조사를 목적으로 국가연합 우주군도 조직된다.

중학생인 노보루와 미카코는 같은 동아리에서 활동하는 사이좋은 반 친구였지만, 3학년 때의 여름에 미카코가 국가연합군 선발 멤버로 발탁되어 두 사람은 떨어지게 된다.

휴대전화의 메시지로 연락을 계속하는 두 사람이었지만, 우주선이 지구를 떠남에 따라 그 시간차는 점점 멀어지기만 하는데…

영상에서는 풀어낼 수 없었던 타르시안 침공의 수수께끼가 밝혀진다!
대망의 소설판, 여기에 등장!!